El clima es típicamente continental, con inviernos largos y fríos y veranos cortos y suaves. La irradiación nocturna es muy elevada y origina considerables oscilaciones térmicas entre el día y la noche. Para un año medio, el periodo de heladas suele comprender 160 días lo que supone una limitación para un gran número de cultivos, obligando en casi toda la comarca de estudio a sembra variedades de verano en cultivos anuales. La pluviometría media anual se sitúa en torno a los 480 mm anuales, si bien algunos años se han alcanzado más de 700 mm anuales, aunque hay que destacar en la parte norte (zona más montañosa) se registran mayores precipitaciones anuales. Destacamos que en invierno las precipitaciones en forma de nieve tienen gran relevancia y que la velocidad media del viento es de 3,5 m/s siendo bastante superior en los meses de invierno y teniendo dirección variable (cierzo, tramontano, bochorno o regañón).
En la zona hay dos cuencas hidrográficas, Duero y Ebro, siendo el primero la principal arteria hidráulica de la zona y de la provincia y al que vierten sus aguas varios afluentes que discurren por nuestro territorio (Rituerto, Tera, Merdancho, Chavalindo, etc.). En el extremo Nororiental de la zona de actuación se sitúan los afluentes del Ebro, siendo cabecera de importantes río que luego riegan las vegas de las vecinas poblaciones de La Rioja, Navarra y Aragón (Cidacos, Linares, Alhama, Añamaza, Queiles, Manubles, Henar, etc. ). En la localidad de Los Rábanos se sitúa el único embalse de la zona, utilizado para producir electricidad. Cabe destacar la presencia de lagunas de alto valor ecológico y medioambiental como son la laguna de Valdehalcones, laguna de Ciria, laguna de Borobia, laguna Guarrera y laguna Onda.